تشتمل المسؤوليات الرئيسية لوحدة المراجعة الداخلية على ما يلي:

• تقويم أنظمة الرقابة الداخلية بما في ذلك النظام المحاسبي للتحقق من سلامتها وملاءمتها وتحديد أوجه القصور فيها إن وجدت واقتراح الوسائل والإجراءات اللازمة لعلاجها بما يكفل حماية اموال الجامعة وممتلكاتها من الاختلاس أو الضياع أو التلاعب ونحو ذلك.
• التأكد من التزام الجامعة بالأنظمة واللوائح والتعليمات والاجراءات المالية والتحقق من كفايتها وملاءمتها.
• تقويم مدى كفاية الخطة التنظيمية للجامعة من حيث وضوح السلطات والمسئوليات وفصل الاختصاصات المتعارضة وغير ذلك من الجوانب التنظيمية.
• تقويم مستوى إنجاز الجامعة لأهدافها الموضوعة وتحليل أسباب الاختلاف إن وجدت.
• تحديد مواطن سوء استخدام الجهة لمواردها المادية والبشرية.
• فحص المستندات الخاصة بالمصروفات والإيرادات بعد إتمامها للتأكد من كونها صحيحة والتأكد من سلامة مسوغات الصرف واعتماد صاحب الصلاحية.
• فحص السجلات المحاسبية للتأكد من انتظام القيود وصحتها وسلامة التوجيه.
• مراجعة العقود والاتفاقيات المبرمة التي تكون الجامعة طرف فيها للتأكد من مدى التقيد بها.
• مراجعة أعمال الصناديق وفحص دفاترها وسجلاتها ومستنداتها والتحقق من أن الجرد قد تم وفقا للقواعد والإجراءات المقررة.
• مراجعة أعمال المستودعات وفحص دفاترها وسجلاتها ومستنداتها والتحقق من أن الجرد واساليب التخزين قد تمت وفقاً للقواعد والاجراءات المقررة.
• مراجعة التقارير المالية والحسابات الختامية التي تعدها الجامعة ممثلة في الادارة المالية والتأكد من دقتها ومدى موافقتها للأنظمة واللوائح والتعليمات والسياسات التي تطبقها الجهة.
• تقديم المشورة عند بحث مشروع الموازنة التقديرية للجامعة.
• القيام بأي أعمال يكلفها بها رئيس الجامعة في حدود مهام وحدة المراجعة الداخلية.